El poblamiento de estas tierras es muy antiguo, así lo atestigua la presencia de taller es de sílex de época eneolítica en la zona de la Tejería Vieja. De época romana se conoce la existencia de restos en el entorno de la Virgen de la Langosta.
Perteneció a la Comunidad de aldeas de Daroca, en la sesma de Barrachina. Su historia estará ligada desde entonces a la Comunidad. Varios municipios de las actuales provincias de Teruel y Zaragoza dependieron de la villa de Daroca desde 1120, pero en 1248 el rey Jaime I, creó la Comunidad de aldeas de Daroca, excluyéndose ésta de la comunidad. Las aldeas pasaban a ser administradas de forma autónoma por ellas mismas, aunque judicialmente dependieran de Daroca. Para organizarse se estableció una nueva organización, las sesmas, que eran una entidad administrativa intermedia entre la comunidad y la aldea.
En cuanto a administración, Alpeñés ha formado parte, de forma sucesiva, a la comunidad de aldeas de Daroca, a la sobrecullida de Daroca (1488-1495), a la vereda de Daroca (1646) y al corregimiento de Daroca (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Montalbán, para pasar en 1965 al partido judicial de Calamocha.