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El término de Alpeñés es atravesado de sur a norte por el río Pancrudo, a ambos márgenes de este río encontramos un relieve accidentado, con sucesión de barrancos y llanuras.
La vegetación es muy variada. En las cercanías del río se desarrolla un bosque de ribera con el chopo cabecero como árbol predominante. La zona de vegetación natural se da sobre todo en la zona denominada «El Monte». Allí encontramos el rebollo (Quercus faginea) intercalado con pino albar (Pinus sylvestris). También encontramos majuelo, endrino, zarzamora, serbal, escarmujo, etc.
En el límite con Corbatón en el paraje «La Sierra»·se desarrolla el carrascal (Quercus ilex) acompañada por aliaga, romero, y espliego entre otras especies.
Chopos cabeceros
El trabajo del chopo (Populus sp.) estaba muy extendido por la vega del río Pancrudo, era un trabajo que permitía por un lado conseguir vigas para la construcción y por otro leña y alimentación para el ganado. Al chopo cabecero le talaban todas sus ramas a una altura a la que no llegaba el ganado (para permitir de nuevo su crecimiento), con el fin de obtener vigas. Se llevaban talas regulares cada 15 años aproximadamente, así la base del troncho iba creciendo y engrosándose, mientras que las ramas superiores presentan menor grosor. Debido a la rápida regeneración del chopo y a los trabajos de poda a lo largo de los años, permiten al chopo vivir muchos más años que los chopos que no son tratados así.
ZEPA Parameras del Campo de Visiedo
Ocupa la parte sur del término municipal. Es un área que alberga poblaciones de gran interés nacional de alondra de Dupont (Chersophilus duponti), ganga ortega (Pterocles orientalis) y alcaraván (Burhinus oedicnemus). También es zona de nidificación de la avutarda (Otis tarda). Otras especies que habitan la zona son el sisón y aguilucho cenizo.
Es la mayor extensión de parameras supramediterráneas de Aragón.